MAN 3 Kediri terletak di kota Kediri yang berlokasi di Jl. Letjend. Suprapto 58 Banjaran kota Kediri. Man 3 kediri pada awalnya adalah Sekolah Guru Agama Islam (SGAI) Kediri yang berlokasi di barat alun-alun kota Kediri pada tanggal 25 Agustus 1950.

Setahun kemudian, SGAI diubah namanya menjadi Pendidikan Guru Agama Pertama Negeri (PGAP N), yang kemudian, namanya diubah lagi menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) Kediri pada tahun 1960.
PGAN Kediri, pindah ke gedung baru, Jl. Letjend. Soeprapto no 48 pada tahun pelajaran 1966-1967. Berdasarkan SK. Mentri agama. No. 16 dan 17/1978, pada tanggal 16 Maret 1978, kelas 1, 2 dan 3 PGAN 4 thn berubah menjadi Tsanawiyah sedangkan eks PGAN 6 tahun menjadi PGA.

Mulai 1 Juli 1992 tepatnya tahun ajaran 1990/1991 secara resmi PGAN Kediri dialihfungsikan menjadi MAN 3 Kediri. Alih fungsi ini berdasarkan SK. Mentri agama. RI tanggal 27 Januari 1992 no 42. Sebagai Kepala MAN 3 Kediri pertama kali adalah Bpk. Drs. H. Soeparno.

Sejak alih fungsi PGAN Kediri menjadi MAN 3 Kediri, tepatnya pada bulan Juli 1992, sekolah ini telah mengalami banyak penyempurnaan dan kemajuan yang sangat pesat, apalagi setelah sekolah yang beralamat di Jl. Letjen Suprapto no 58 ini termasuk salah satu dari 25 Madrasah Aliyah yang terpilih dalam program peningkatan mutu pendidikan Kontrak Prestasi tahun 2007 di seluruh Indonesia.

Kemajuan MAN 3 Kediri yang semakin membanggakan bisa dilihat dari sarana pembelajaran yang modern, fasilitas fisik yang lengkap, program-program madrasah yang dapat diunggulkan, prestasi sekolah maupun siswa di berbagai event perlombaan tingkat lokal, regional, nasional maupun internasional.